医药化工行业的废水中常含有多种具有生物抑制性或毒性的活性物质，即便在较低低浓度下也会造成系统冲击。当受毒害、抑制时，微生物难以正常发挥其代谢功能，使得处理能力下降，甚至系统崩溃。

MFES体系中优选的菌种可以适应一定浓度的DMF、THF、AOX、多种抗生素等常见生物毒害物质，并将其分解。此外MFES还可以根据客户具体需要，针对特定污染物增补对应的高效降解菌种。可将污染物快速发酵形成细胞体，通过单细胞蛋白的形式排出系统。最后，在MFES发酵过程中，原本生物毒害的组分被工程菌种转化为二氧化碳、脂肪酸、蛋白质等“无毒无害”的成分，出水不仅COD大幅降低，还进行了有效解毒，极大的保障了后续常规系统的处理效果。而对于生物难以分解的毒害物质，MFES发酵产生的菌丝体可以进行有效的吸附，最后以污泥形式排出系统，因此同样有良好的去除效率。